并不是每种空调方式都适用于医院的各部分，特别是某些室内空气自循环机组（AirRecirculatedWithinRoomUnits），如风机盘管、各种自带冷源的挂机、柜机，等。

按美国的相关规定，在手术室、产房，ICU（Intensivecaseunit）、感染隔离室（InfeciousIsoiation）、各种实险室、某些放射科室等许多场所均不宜使用，认为这类设备清洁消毒有困难，并有产生污染的可能，因为这类设备在夏季大部分时间处于降温去湿的湿工况，潮湿的凝水盘和凝水管内易滋生细菌，存留病毒。由于这类设备直接安置在室内，受噪音要求的制约，驱动风机的转速低、机外余压小，难于配置过滤性能略好的过滤器，通常只有一道过滤网，其主要目的在于防止排管换热器外壁积垢和过风间隙被纤维，在为尘阻塞，影响热交换效率，并起不到医院净化所要求的滤尘、滤菌效果。所滋生的细菌以及细菌新陈代谢的产物将在房间内扩散与循环，得不到必要的控制。医院限制采用室内空气循环机组的场所按美国暖通空调工程师协会的规定。
当然对于普通病房只要采取了消毒、灭菌措施和合理的气流组织，室内空气循环机组仍不失为一种可取的方案。因为这种空调方式毕竟各室空调系统相互独立，便于分别调节、控制与关断。从各病室的隔离性，空周使用的灵活性及便于节能，初投资芦苇低等方面来看，以及依据国外的运行管理经验来看，医院住院部等采风机盘管系统仍是有其优势的，对其采取完全排斥的观点，至少在空调技术发展水平的现有阶段来看，有欠权衡。一时尚难有更可靠，更经济合理的方式来代替。
全空气系统方式在医院多处采用，某些部门甚至要求设计为全新风直流系统，美国、欧洲与日本的相关要求大体一致。